Sono riuscito a trovare una soluzione a questo problema. Invece di caricare il database direttamente dallo script INNO, ho scritto i comandi sql in un file batch ed ho eseguito il file .bat dallo script.
Digita questo in un documento del blocco note e salvalo come loadDB.bat. La prima riga imposta il percorso della tua directory in cui è installato il tuo mysql.exe. La riga successiva crea un database vuoto. (Non so perché ma posso' t ottenere mysql per caricare il file di database senza prima creare un database vuoto sul server) L'ultima riga è il comando mysql per caricare il database dal tuo database, file sql.
Ora, nel tuo script INNO sotto la sezione [FILES] aggiungi il file .bat
E sotto la sezione [RUN] esegui il file .bat. Nota che questa riga dovrebbe essere l'ultima riga nella sezione [RUN] perché dovrebbe essere eseguita solo dopo l'installazione del server Mysql.
Ora compila ed esegui il setup.
Come nota a margine:non l'ho provato ma forse se aggiungi i comandi mysql nel .bat direttamente nello script inno con i parametri corretti, potresti caricare il database senza la necessità del file batch.
Spero che questo risolva il tuo problema.