Posso creare un file .htaccess dinamico?

Puoi leggere e scrivere file con le funzioni del file system , ad esempio:

$data = <<<EOF
RewriteEngine on
RewriteRule …
EOF;
file_put_contents('.htaccess', $data);

Ma sarebbe più flessibile se utilizzi una regola statica che reindirizza le richieste al tuo file PHP che poi fa il resto.