UPDATE table SET Password = MD5(Password)
Dirò però che MD5 non è un ottimo livello di crittografia e dovresti considerare qualcosa di più forte come ENCRYPT con un sale personalizzato. Leggi tutto qui
EDIT:sembra che la domanda originale sia cambiata. Ecco la query modificata per soddisfare
UPDATE table SET Password = MD5(Password) WHERE ID!=[specified index]
EDIT:degno di nota