Per Innodb la dimensione della transazione sarà limitata dalla dimensione del redo log (ib_logfile*), quindi se prevedi di eseguire transazioni molto grandi assicurati di impostare innodb_log_file_size=256M o più. Lo svantaggio è che ci vorrà più tempo per il ripristino in caso di arresto anomalo.
Ma per la cronaca, i dipendenti di Innobase consigliano di mantenere le transazioni breve