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SELEZIONA id HAVING conteggio massimo di id

SELECT color_id AS id, COUNT(color_id) AS count 
FROM products 
WHERE item_id = 1234 AND color_id IS NOT NULL 
GROUP BY color_id 
ORDER BY count DESC
LIMIT 1;

Questo ti darà il color_id e il conteggio su quel color_id ordinato dal conteggio dal più grande al minimo. Penso che questo sia quello che vuoi.

per la tua modifica...

SELECT color_id, COUNT(*) FROM products WHERE color_id = 3;