Proprio sulla colonna dove. Un indice nella colonna di aggiornamento rallenterà effettivamente la query perché l'indice deve essere aggiornato insieme ai dati. Un indice nella colonna where accelererà gli aggiornamenti e le selezioni, ma rallenterà alcuni inserimenti.
Gli indici causano anche un sovraccarico quando elimini le righe. In generale sono una buona cosa anche se sulle colonne stai usando WHERE
su un lotto e sono fondamentalmente necessari sulle colonne su cui ti unisci o ORDER BY