Dovresti essere in grado di utilizzare di MySQL FIND_IN_SET()
per utilizzare l'elenco di ID:
CREATE PROCEDURE `get_users_per_app` (id_list TEXT)
BEGIN
SELECT
app_id, GROUP_CONCAT(user_id)
FROM
app_users
WHERE
FIND_IN_SET(app_id, id_list) > 0
GROUP BY app_id;
...