Vai su Modifica -> Preferenze -> Editor SQL e vedrai:
DBMS connection keep-alive interval (in seconds): 600
DBMS connection read time out (in seconds): 600
DBMS connection time out (in seconds): 60
L'intervallo keep-alive della connessione DBMS indica la frequenza con cui Workbench invia una richiesta keep-alive al server per mantenere attiva la connessione.
Dato che 5 minuti ==300 secondi, imposta l'intervallo keep-alive della connessione DBMS <300 (es. 250)
Significherà "inviare una richiesta keep-alive ogni 250 secondi". Fare clic su OK.
Quindi esci da MySQL Workbench e riavvialo per rendere effettive le modifiche.
Se utilizzi il metodo di connessione TCP/IP standard su SSH, può essere utile configurare anche ssh ServerAliveInterval.