come posso creare un sistema di tagging usando php e mysql?

Stai descrivendo una relazione molti-a-molti tra articoli e tag. Ti consigliamo di utilizzare una tabella di giunzione intermedia per risolvere quella relazione.

Ora, per trovare tutti gli articoli che corrispondono a un tag selezionato:

SELECT a.article_title
    FROM Tag t
        INNER JOIN Article_Tag_Xref atx
            ON t.tag_id = atx.tag_id
        INNER JOIN Article a
            ON atx.article_id = a.article_id
    WHERE t.tag_name = 'SelectedTagName'