Devi installare python-dev:
sudo apt-get install python-dev
E, dal momento che stai usando python3:
sudo apt-get install python3-dev
Questo comando dovrebbe aiutarti.
Se stai usando mac os potresti provare:
brew update && brew rm python3 && brew install python3
Devi brew è già stato installato, altrimenti puoi installarlo. È molto utile per ottenere pacchetti in Mac OS. http://brew.sh/
