Dopo essere passato da MySQL 5.0 a 5.5 ho scoperto che all'improvviso devo abilitare LOCAL INFILE in particolare durante la creazione della connessione in PHP.
Utilizzo di MySQL:
mysql_connect(server,user,code,false,128); // 128 enables LOCAL INFILE
mysql_select_db(database);
Utilizzo di mysqli:
$conn = mysqli_init();
mysqli_options($conn, MYSQLI_OPT_LOCAL_INFILE, true);
mysqli_real_connect($conn,server,user,code,database);