No.
L'estensione MySQL e MySQLi sono "driver" che si occupano della comunicazione tra PHP e il server del database MySQL;
loro non cambia l'intervallo di comandi SQL che il server MySQL comprende.
Quindi, fintanto che il livello di astrazione DB si occupa di quali funzioni PHP devono utilizzare per quale scopo per te (e un framework come CI dovrebbe sicuramente farlo), non c'è nulla di cui preoccuparsi per quanto riguarda le query effettive.
