al momento non sono di fronte al motore di database sql e quindi non posso inviare codice sql completamente verificato. tuttavia, se il tuo campo num non è un campo di incremento automatico, fai qualcosa del genere:
CREATE TEMPORARY TABLE temp_table_x (
num int auto_increment primary key,
reference_id int
);
INSERT temp_table_x (reference_id)
SELECT id FROM source_table ORDER BY id;
UPDATE source_table st
SET st.num = x.num
FROM temp_table_x x
WHERE reference_id = id;