Mysql
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Inserimento nella tabella in ordine

al momento non sono di fronte al motore di database sql e quindi non posso inviare codice sql completamente verificato. tuttavia, se il tuo campo num non è un campo di incremento automatico, fai qualcosa del genere:

CREATE TEMPORARY TABLE temp_table_x (
    num int auto_increment primary key,
    reference_id int
);

INSERT temp_table_x (reference_id)
SELECT id FROM source_table ORDER BY id;

UPDATE source_table st 
    SET st.num = x.num
FROM temp_table_x x
WHERE reference_id = id;