Mysql
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Unisci la tabella in base al valore della colonna nella tabella principale

Qualcosa come 

SELECT *
FROM notificationTable notification   
LEFT JOIN commentTable comment
ON (notification.typeID = comment.ID AND notification.type == 'comment')
LEFT JOIN evenTable event
ON (notification.typeID = event.ID AND notification.type == 'accept')
WHERE notification.userID = 2

Ma consiglio vivamente di riprogettare il tuo sistema per evitare relazioni polimorfiche...