Dipende davvero dalla situazione?
- Come verranno distribuiti i file?
- I file utilizzati sono standalone o fanno parte di un sistema che potrebbe avere una propria logica di autorizzazione e autenticazione?
- Qual è la tua strategia di backup?
- Hai bisogno di una replica?
- Devi supportare molti I/O?
- E la memorizzazione nella cache?
Detto questo, preferirei una sorta di filesystem per i documenti su un database.