Questo è ciò che accade con una chiave primaria composita che incorpora un auto_increment. Ricrea la chiave primaria in modo che sia puramente il tuo campo auto_increment (empId), quindi crea un indice univoco su companyId ed empId
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Nota che questo si applica solo alle tabelle MyISAM e BDB. Se hai utilizzato InnoDB per le tue tabelle, funzionerebbe anche come volevi
