I browser richiedono automaticamente il file favicon.ico per impostazione predefinita.
Ma non hai alcun file favicon.ico, quindi viene riscritto (regola nel tuo htaccess).
Questo è il motivo per cui hai un duplicato di esecuzione.
Soluzioni:
- Aggiungi un file favicon.ico
- Non INSERIRE (in index.php) se l'URL richiesto è una favicon
- Disabilitalo nel tuo htaccess con una regola