Come altri hanno già detto, non puoi usare il comando source nell'API Python di MySQLdb
Quindi, invece di eseguirlo, carica il file ed eseguilo
Diciamo che il tuo file .sql ha
create database test;
Leggi il contenuto come
sql=open("test.sql").read()
E poi eseguilo
cursor.execute(sql);
Otterrai un nuovo "test" del database
