Una soluzione molto semplice potrebbe essere qualcosa del tipo (primo esempio):http://www.php-mysql-tutorial.com/wikis/mysql-tutorials/using-php-to-backup-mysql-databases.aspx
Naturalmente questo creerà solo un dump dei dati della tabella.
Quello che potresti fare è usare questo codice:
http://snipplr.com/view/173/mysql-dump/
Ciò che fa questo codice è in realtà ottenere una descrizione della tabella (ovvero la sua struttura), creare tutte le tabelle e inviare i dati. praticamente come qualsiasi altro strumento.
Quindi è solo questione di salvarlo da una stringa in un file (file_put_contents() per esempio o qualcosa di simile, a seconda delle tue preferenze e necessità)