Usando:
ALTER TABLE some_table AUTO_INCREMENT = 0
...reimposterà il valore di auto_increment in modo che sia il valore successivo in base al valore più alto esistente nella colonna di auto_increment.
Per eseguirlo su tutte le tabelle, dovrai utilizzare Sintassi SQL dinamica di MySQL denominata PreparedStatements perché non è possibile fornire il nome della tabella per un'istruzione ALTER TABLE come variabile. Dovrai eseguire il loop dell'output da:
SELECT t.table_name
FROM INFORMATION_SCHEMA.TABLES t
WHERE t.table_schema = 'your_database_name'
...eseguendo l'istruzione ALTER TABLE sopra per ogni tabella.