Forse dovresti aggiungere qualcosa alle colonne nulle per renderle uniche e raggrupparle? Stavo cercando una sorta di sequenza da usare al posto di UUID() ma potrebbe funzionare altrettanto bene.
SELECT `table1`.*,
IFNULL(ancestor,UUID()) as unq_ancestor
GROUP_CONCAT(id SEPARATOR ',') AS `children_ids`
FROM `table1`
WHERE (enabled = 1)
GROUP BY unq_ancestor