Date/Ore vengono archiviate in mysql allo stesso modo indipendentemente da come sono formattate.
Credo che quello che vuoi fare sia recuperare la data in un formato specifico.
DATE_FORMAT() lo farà per te.
http://dev .mysql.com/doc/refman/5.1/en/date-and-time-functions.html#function_date-format
%r e %T sono rispettivamente formati di 12 ore e 24 ore.