MySQL - SELEZIONA COME in DOVE

Innanzitutto, non puoi usare ALIAS nel WHERE clausola. Dovresti usare la colonna,

SELECT SUBSTRING(rating, INSTR(rating,',') +1, +2) AS val 
FROM   users 
WHERE  SUBSTRING(rating, INSTR(rating,',') +1, +2) = '15'

Il motivo è il seguente:l'ordine delle operazioni è SQL,

• Clausola DA
• Clausola WHERE
• Clausola GROUP BY
• Clausola HAVING
• Clausola SELECT
• Clausola ORDER BY

il ALIAS avviene su SELECT clausola che precede il WHERE clausola.

se vuoi davvero usare l'alias, avvolgilo in una sottoquery,

SELECT *
FROM
    (
        SELECT SUBSTRING(rating, INSTR(rating,',') +1, +2) AS val 
        FROM   users
    ) s
WHERE   val  = '15'