UPDATE
TableName
SET
column01 = CASE column01 WHEN '' THEN NULL ELSE column01 END,
column02 = CASE column02 WHEN '' THEN NULL ELSE column02 END,
column03 = CASE column03 WHEN '' THEN NULL ELSE column03 END,
...,
column99 = CASE column99 WHEN '' THEN NULL ELSE column99 END
Questo lo sta ancora facendo manualmente, ma è leggermente meno doloroso di quello che hai perché non richiede l'invio di una query per ogni colonna. A meno che tu non voglia prenderti la briga di scriverlo, dovrai sopportare una certa quantità di dolore quando fai qualcosa del genere.
Modifica:aggiunto il END
s