Come aggiungere una chiave primaria a una tabella MySQL?

Dopo aver aggiunto la colonna, puoi sempre aggiungere la chiave primaria:

ALTER TABLE goods ADD PRIMARY KEY(id)

Per quanto riguarda il motivo per cui il tuo script non funzionava, devi specificare PRIMARY KEY , non solo la parola PRIMARY :

alter table goods add column `id` int(10) unsigned primary KEY AUTO_INCREMENT;