Ho avuto lo stesso problema. Nel mio caso ho appena eseguito il comando seguente collegato al mio database da Workbench:
SET SESSION old_passwords=0;
SET PASSWORD FOR my_user=PASSWORD('my_password');
Successivamente ho potuto connettermi utilizzando MySql Connector 6.6.5 nel codice c# con la stringa di connessione mysql comune:
"server=my_server_ip;user=my_user;database=my_db;port=3306;password=my_password;"