Devi modificare il tuo my.cnf
e assicurati di avere la porta impostata come nella riga seguente:
port = 3360
Quindi riavvia il tuo servizio MySQL e dovresti essere a posto. Non ci sono query che puoi eseguire per apportare questa modifica perché il port
non è una variabile dinamica (q.v. qui per la documentazione di MySQL
mostrando una tabella di tutte le variabili di sistema).