Ho affrontato una situazione simile in cui InnoDB è stato disabilitato dopo un aggiornamento di mysql-server. La query "mostra motori " non mostrava Innodb . Seguendo questo link risolto il problema per me.
/etc/init.d/mysql stop
cd /var/lib/mysql/
ls ib_logfile*
mv ib_logfile0 ib_logfile0.bak
mv ib_logfile1 ib_logfile1.bak
/etc/init.d/mysql restart
