Grazie a @chooban ho scoperto che la sessione di connessione stava usando latin1 invece di utf8. Ecco due soluzioni che ho trovato:
- Per RMySQL, dopo la connessione esegui la query
SET NAMES utf8per modificare il set di caratteri di connessione. - Per RODBC, connettiti usando
CharSet=utf8nella stringa DSN. Non sono stato in grado di eseguireSET NAMEStramite ODBC.
Questa domanda mi ha indicato la giusta direzione.