Prova a utilizzare SQL_NO_CACHE (MySQL 5.7) nella query. (Gli utenti di MySQL 5.6 fanno clic su QUI )
es.
SELECT SQL_NO_CACHE * FROM TABLE
Ciò interromperà la memorizzazione nella cache di MySQL dei risultati, tuttavia tieni presente che anche altri sistemi operativi e cache del disco possono influire sulle prestazioni. Questi sono più difficili da aggirare.