Poiché una procedura memorizzata viene creata, modificata e eliminata utilizzando le query, puoi effettivamente gestirle utilizzando phpMyAdmin.
Per creare una procedura memorizzata, è possibile utilizzare quanto segue (modificare se necessario):
CREATE PROCEDURE sp_test()
BEGIN
SELECT 'Number of records: ', count(*) from test;
END//
E assicurati di impostare il campo "Delimitatore" nella scheda SQL su //.
Una volta creata, la procedura memorizzata apparirà nel campo Routine sotto le tue tabelle (nella scheda Struttura), e puoi facilmente modificarla/rilasciarla.
Per utilizzare la procedura memorizzata da PHP devi eseguire una query CALL, proprio come faresti con un semplice SQL.