Avvia il profiler con
SET profiling = 1;
Quindi esegui la tua query.
Con
SHOW PROFILES;
viene visualizzato un elenco di query per le quali il profiler ha le statistiche. E infine scegli con quale query esaminare
SHOW PROFILE FOR QUERY 1;
o qualunque numero abbia la tua richiesta.
Quello che ottieni è un elenco in cui esattamente quanto tempo è stato speso durante la query.
Maggiori informazioni nel manuale.