Le nuove versioni di MySQL WorkBench hanno un'opzione per modificare timeout specifici.
Per me era in Modifica → Preferenze → Editor SQL → Timeout lettura connessione DBMS (in secondi):600
Modificato il valore in 6000.
Anche le righe limite deselezionate poiché inserire un limite ogni volta che voglio cercare l'intero set di dati diventa noioso.