Uso SQL Developer quando si amministra un database Oracle. Basta creare la colonna e aggiungere un vincolo al database, ad esempio:
sql> alter table Employee add constraint Employee_pk primary key(Employee_ID);
Forse vedi qui per qualche dettaglio in più.
Modifica:
Ora che ci ripenso dovresti essere in grado di farlo in una migrazione
add_column :table, :id, :primary_key
È quindi necessario eseguire il seeding di alcuni dati all'interno della migrazione. Solo codice ruby che scorre e aggiunge il tuo indice. Vedi seed_fu e db-populate per un aiuto. Rails 3 ti consentirà di eseguire il seeding dei dati con rake db:seed.