Stai provando a trasferire file da un Linux a Windows Box? I file di testo hanno contenuto in inglese? Sembra che ci sia una mancata corrispondenza del set di caratteri.
La vecchia versione dei server/client ftp supportava solo la modalità ASCII e successivamente è stata aggiornata per funzionare con UTF-8. Quindi, prova ad aggiornare la versione del client ftp.
