Rispondendo alla tua domanda semplificata:
Data una gerarchia come hai descritto, se trovassi che alcuni livelli nella gerarchia fossero facoltativi, mi chiederei se una gerarchia sia davvero ben mappata al mio dominio. Prenderei in considerazione di disegnare le mie relazioni in modo diverso o di ridefinire le entità nel mio schema.
Non credo che una risposta più dettagliata alla domanda generale sia possibile in un breve spazio come questo, dal momento che capire la migliore rappresentazione di un dominio è a) difficile e b) molto specifico per il particolare dominio.
