Stai usando log4j?
In tal caso, aggiungi logger per sql come di seguito.
log4j.logger.java.sql.Connection=DEBUG
log4j.logger.java.sql.Statement=DEBUG
log4j.logger.java.sql.PreparedStatement=DEBUG
log4j.logger.java.sql.ResultSet=DEBUG
Se stai utilizzando un framework ORM come ibatis, puoi aggiungere un logger aggiuntivo come di seguito.
log4j.logger.com.ibatis.sqlmap.engine.impl.SqlMapClientDelegate=DEBUG