Potresti prendere in considerazione l'utilizzo di Liquibase, che è un framework leggero per l'esecuzione di modifiche al database (DDL, DML) in un modo definito. Il suo obiettivo principale è supportare la migrazione dello schema DB.
Gli script SQL esistenti possono essere facilmente convertiti in script liquibase semplicemente aggiungendo alcuni commenti contenenti parole chiave liquibase. Vedi questo esempio
L'unico aspetto negativo che mi viene in mente è che liquibase utilizza due tabelle aggiuntive per registrare informazioni sulle modifiche al database che ha già eseguito.
