Ciò è in genere causato da duplicati nella query specificata nella clausola USING. Questo probabilmente significa che TABLE_A è una tabella padre e lo stesso ROWID viene restituito più volte.
Potresti risolvere rapidamente il problema utilizzando un DISTINCT nella tua query (infatti, se 'Y' è un valore costante non è nemmeno necessario inserirlo nella query).
Supponendo che la tua query sia corretta (non conosco le tue tabelle) potresti fare qualcosa del genere:
MERGE INTO table_1 a
USING
(SELECT distinct ta.ROWID row_id
FROM table_1 a ,table_2 b ,table_3 c
WHERE a.mbr = c.mbr
AND b.head = c.head
AND b.type_of_action <> '6') src
ON ( a.ROWID = src.row_id )
WHEN MATCHED THEN UPDATE SET in_correct = 'Y';