Ho avuto un problema simile e ho scaricato il jar da http://mvnrepository.com/artifact/org.freemarker/freemarker che ha funzionato bene.
Quando dai un'occhiata a build.gradle nel progetto DaoGenerator, troverai una dipendenza che punta esattamente a questo artefatto. Immagino che l'utilizzo di gradle per creare il tuo progetto scarichi automaticamente queste dipendenze proprio come fa Maven. Se non desideri utilizzare nessuno dei due, probabilmente va bene scaricare e includere gli artefatti manualmente.
