Alla fine ho scoperto che il problema era correlato al fatto che i dati erano stati scritti in modo errato in SQL nel mio server originale.
Alla fine ho trasferito il DB utilizzando:
mysqldump --default-character-set=utf8 [ORYGINAL_DB] | mysql [TARGET_DB] --default-character-set=utf8
e l'esecuzione:
UPDATE [table name] SET [field] = CONVERT(BINARY CONVERT([field] USING latin2) USING utf8)
come era consigli qui:
Spero che la soluzione di cui sopra possa essere utile anche per altri.