Per salvare come PDF:
1) Seleziona database.

2) Altro> Designer

3) Importa/Esporta coordinate per schema relazionale 


4) Operazioni (scorri verso il basso)> Modifica o esporta schema relazionale


Fare clic su Vai.
5) Scegli le tue preferenze.

Fare clic su Vai.

Salva il file.
Per salvare come immagine:
Puoi scegliere "SVG" nel passaggio 5 invece di "PDF", ma non ha prodotto risultati esteticamente desiderabili per l'ERD (almeno per me).
Personalmente ho appena convertito il PDF in un'immagine utilizzando un'app di terze parti.
Riferimento:phpmyadmin 3.4.0 ERD in PDF