Ecco la risposta nel caso qualcuno cerchi e trovi la pagina.
L'errore è stato causato dalla presenza di vecchi dati nella cache del browser e nei cookie. Ho pulito la cache del browser, eliminato tutti i cookie di dominio e di sessione ed è andato via.
Mi sono imbattuto in un orrendo bug nella configurazione delle funzionalità avanzate:
Gli script di build table richiedono la creazione di tabelle della forma "pma__tablename" mentre lo script di configurazione vuole caricare le tabelle della forma "pma_tablename". La differenza non è immediatamente evidente, ma lo script sql del file build ha due caratteri di sottolineatura. PhpMyAdmin si lamenterebbe del fatto che la tabella esisteva già e non avrebbe costruito la tabella. Mi ha fatto impazzire finché non ho trovato un post con questo effetto.
Ho fatto una ricerca per "pma__" e ho sostituito tutto con "pma_" ed ho eseguito lo script delle tabelle di build e tutto si è sistemato.
PhpMyAdmin 4.3.6 ora funziona senza problemi sul mio sistema locale.
Scusate il falso allarme, ma il messaggio di errore mi ha mandato nella direzione sbagliata.
