Il modo più semplice per cambiare il motore predefinito è accedere a phpMyAdmin quindi vai a Variabili>> motore di archiviazione
fai clic su modifica e digita InnoDB .
il motore di archiviazione predefinito è ora InnoDB
http://dev.mysql.com /doc/refman/5.1/en/server-system-variables.html#sysvar_storage_engine