Ho avuto lo stesso problema e ho creato una classe PHP leggera per eseguire l'evidenziazione della formattazione/sintassi.
https://github.com/jdorn/sql-formatter
Non l'ho testato completamente con query complesse (sottoselezioni, unioni, ecc.), ma sembra funzionare abbastanza bene per casi comuni.
Per ottenere risultati completamente accurati, hai davvero bisogno di un parser SQL completo come quello utilizzato da phpMyAdmin, ma che utilizza oltre 10.000 righe di codice distribuite su molti file ed è probabilmente eccessivo per un semplice debug.