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mysqli_real_connect():(HY000/2002):nessun file o directory di questo tipo

cambia localhost in 127.0.0.1 in /etc/phpmyadmin/config.inc.php

$cfg['Servers'][$i]['host'] = '127.0.0.1';

Il motivo è che pma tenta di connettersi a mysql.socket se si utilizza localhost. Se usi 127.0.0.1 PMA crea una connessione TCP che dovrebbe funzionare.