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Per rimuovere completamente il debug usa:
var io = require('socket.io').listen(app, { log: false });
Dove app è node.js http server / express ecc.
Hai dimenticato di dire che stai usando anche socket.io. Questo proviene da socket.io. Puoi disabilitarlo tramite la configurazione:
io.set('log level', 1); // reduce logging
