Non sono sicuro che tu lo voglia usando gli script MongoDB o il linguaggio della tua app (Nodejs se sbaglio)
Ecco come funziona su Mongo Shell Script
db.MODEL.find( { _id: DOCUMENT_ID },
{ inbox: { $elemMatch: { _id: MESSAGE_ID } } } )
Se questo non è ciò che desideri, aggiorna il tuo post e aggiungi la lingua/il framework che stai utilizzando