Ho testato questo:
var TestSchema = new Schema({
name: String,
createdAt: { type: Date, expires: '2m', default: Date.now }
});
Documenti cancellati dopo il secondo minuto e ho anche confermato che l'indice TTL è stato creato correttamente (come sfondo per impostazione predefinita) con TTL di 120
secondi.
Prova quel formato dell'ora e vedi se funziona per te.
Versione MongoDB:3.6.5