In Ubuntu 14.04, sudo apt-get install php5-mongo si traduce in un'estensione PHP mongo completamente funzionante. Quindi suppongo che ci sia solo un problema di packaging in Ubuntu 13.10 che causa il problema.
Soluzione :usa Ubuntu 14.04 LTS invece di Ubuntu 13.10.
Ma se hai per usare Ubuntu 13.10, non usare php5-mongo Pacchetto Ubuntu, invece installa l'estensione mongo tramite pecl:
sudo apt-get install php5-dev make php-pear
sudo pecl install mongo
sudo echo "extension=mongo.so" | sudo tee /etc/php5/mods-available/mongo.ini
